合作伙伴在分配股份时，可以采取以下几种方式：
按出资比例分配：
这是最常见的股权分配方式，即根据各自的出资额来分配股份。如果出资额相同，则股份均等分配。
按贡献大小分配：
除了出资额外，还可以考虑合伙人在项目中的实际贡献，如技术入股、市场推广、管理贡献等。这些贡献可以通过评估折算成资金，再按照出资比例分配股份。
按股东职位分配：
根据合伙人在公司中的职位和角色，如创始人、合伙人、顾问等，分配不同比例的股份。通常，职位越高、责任越大的合伙人，获得的股份也越多。
合同约定分配：
在合伙协议中明确约定股份分配的方式和比例，确保各方权益得到法律保障。这种方式可以根据公司具体情况和合伙人的谈判结果来定制。
均等分配：
如果所有合伙人的出资额和贡献都相等，可以考虑均等分配股份，即每人持有相同比例的股份。
混合分配：
结合以上几种方式，根据合伙人的具体情况和需求，制定一个综合的股权分配方案。例如，可以设定一个基础出资比例，再根据贡献大小进行适当调整。
无论采取哪种分配方式，都应当确保所有合伙人的权益得到充分保障，并且符合《中华人民共和国公司法》等相关法律法规的规定。建议在分配股份前，合伙人之间进行充分的沟通和协商，确保达成一致意见，并将分配方案以书面形式确定下来。
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