在部队中，不同的部门有不同的职责和权力，因此很难一概而论哪个部门“最厉害”。然而，根据提供的信息，可以得出以下结论：
各大机关的政治部门
政治部门是部队中最有权力的地方，掌管着组织人事大权、意识形态、安全保卫和纪律检查工作。
人事权是所有干部最关心的敏感问题，晋升调动转业退休等核心事项都要经过这个部门。
宣传部门负责意识形态工作，领导所有官兵的思想，并且掌握着不少资源。
保卫和纪检部门负责干部的监督和纪律执行，具有相当的权威。
司令部
司令部是部队的核心，负责作战指挥和日常管理。
作战部和情报部是司令部最重要的部门，直接关系到部队的战斗力和情报获取。
参谋长作为司令部的主要领导，在战时状态下拥有极高的地位和作用。
后勤部门
后勤部门负责部队的后勤保障供应工作，包括武器装备、物资供应、医疗等。
在现代战争中，后勤部门的地位尤为重要，有“打仗就是打后勤”之说。
特种兵部队
特种兵部队执行特殊任务，如侦察、破坏、反恐等，具有极高的战斗力。
虽然特种兵部队人数较少，但训练有素，是公认的实力最强的兵种之一。
军务股和纠察兵
军务股负责维持部队的纪律和形象，确保每一名战士都严格遵守规章制度。
纠察兵负责维护军营中的纪律和威严，对军容风纪进行检查和监督。
综上所述，部队中 各大机关的政治部门和 司令部在各自职责范围内具有极高的权威和影响力，而 特种兵部队和 后勤部门也在其专业领域内表现出色。具体哪个部门“最厉害”取决于评价的标准和角度。如果从权力和影响力来看，政治部门和司令部无疑是最为重要的；如果从专业能力和作战效果来看，特种兵部队和后勤部门则具有显著优势。
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