客运车辆投诉应该向以下部门进行：
当地市场监督管理局：
消费者在购买服务过程中，若与经营者发生消费者权益争议，可以向市场监督管理部门投诉。市场监督管理部门负责处理此类投诉，并依据《市场监督管理投诉举报处理暂行办法》来解决问题。
当地交通管理部门：
包括交警和运管部门。道路运输管理部门对班线客车的监管主要是禁止客车超员出站，而公安交警部门则负责监管和处罚在道路上行驶中的超速超员客运车辆的违法行为。
12328交通运输服务监督电话：
这是一个全国性的服务监督电话，用于受理交通运输行业的投诉举报事项。拨打此电话可以快速得到相关投诉的处理意见。
消费者保护协会：
消费者还可以向消费者保护协会投诉，协会可以提供相关服务并帮助解决消费争议。
客运公司或机构：
如果投诉涉及特定客运公司或线路，可以直接联系该公司或机构的客户服务部门进行投诉，他们通常会承诺解决乘客的问题。
建议选择以上途径进行投诉，以便更快速有效地解决问题。
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