排污证件应当在 设区的市级以上地方人民政府生态环境主管部门办理。具体申请流程如下：
申请渠道
排污单位应在全国排污许可证管理信息平台（http://permit.mee.gov.cn/）申请排污许可证或填报排污登记表。
排污单位也可以向生产经营场所所在地的设区的市级以上地方人民政府生态环境主管部门提交书面申请。
申请材料
申请排污许可证时，排污单位需要提交的材料包括企业营业执照、生产许可证等证件复印件，以及排污申报表等。
申请材料可以通过全国排污许可证管理信息平台在线提交，也可以现场提交。
审核与颁发
环保部门收到申请材料后，将对材料进行审核，审核通过后颁发排污许可证。
排污许可证的审批时限根据不同类型的管理要求有所不同，对于实行排污许可简化管理的排污单位，审批部门应当自受理申请之日起20日内作出审批决定；对于实行排污许可重点管理的排污单位，审批部门应当自受理申请之日起30日内作出审批决定。
信息公示与公开
审批部门应当在全国排污许可证管理信息平台上公开受理或者不予受理排污许可证申请的决定，同时向排污单位出具加盖本审批部门专用印章和注明日期的书面凭证。
综上所述，排污单位应通过全国排污许可证管理信息平台进行在线申请，并提交必要的申请材料，最终由所在地的设区的市级以上地方人民政府生态环境主管部门进行审核并颁发排污许可证。
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